1.外感伤食
《本草备要》曰：“辛散气，甘调中，温开胃，化水谷，消积滞”。外感风寒，内伤饮食，恶寒发热，头痛无汗，鼻塞声重，时流清涕，喉痒咳嗽，肢节酸疼，腹部胀满，恶呕不食，或兼泄泻，舌苔薄白，脉象浮紧。治当外散风寒，内消食伤，神曲辛温以发汗解表，甘温以调中消食，内外兼治表里双解。
2.伤食吐泻
《本草蒙筌》曰：“下气调中，止泻开胃，化水谷，消宿食。”饮食不节，暴饮暴食，脾胃受伤，胃不受盛，脾不转输，胃气上逆则吐，脾气不升则泻。症见：脘腹痞闷，暖气厌食，呕吐酸腐，泄下粪便，臭如败卵，腹疼拒按，得食尤甚，呕吐略舒，舌苔厚腻，脉象滑数。神曲，既可健脾和胃，又能消食化滞，故当首选。
3.消积止痢
《珍珠囊》曰：“养胃气，治赤白痢”。饮食过度，恣食甘肥，停滞于胃，积壅不化，复感湿热，湿热食积，交阻于肠，伤及血络，化腐成脓，赤白混杂，兼杂而下，泻下不爽，里急后重，腹疼拒按，苔腻脉滑。神曲健脾，消食化积，与清利湿热之品相伍，共治痢疾。
4.脾虚胀满
《素问·阴阳应象大论》曰：“湿气在上则生腠胀”。脾胃虚弱，中阳失运，清阳不升，浊阴不降，日久成积。则见纳呆食少，脘腹胀满，饭后加重，大便溏薄，舌淡苔腻，脉弱无力。治当健脾消积。神曲甘温，健脾和胃，消积导滞。配合补脾之品，健运中焦，消补并行，胀满可除。
5.下气消痰
《本草备要》曰：“治痰逆”。“脾为生痰之源，肺为贮痰之器”，脾胃虚弱，中阳不运，则生水湿，聚而为痰。症见：咳嗽咯痰，量多清稀，舌淡苔腻，脉象濡滑。神曲可健脾消食，使中阳健运，痰湿不生，且有下气消痰之功，故治咳喘，痰涎壅盛。
6.产后回乳
产后勿须哺乳者，用神曲可回乳断奶。
7.助化矿石类药
神曲能助矿石类药运化吸收，故多用以糊丸，以助其发挥药效。