1.性状鉴别
(1)穿龙薯蓣根茎类圆柱形，稍弯曲，有分枝，长10-15cm，直径0.3-1.5cm。表面黄白色或棕黄色，有不规则纵沟，具点状根痕及偏于一侧的突起茎痕，偶有膜状浅棕色外皮和细根。质坚硬，断面平坦，白色或黄白色，散有淡棕色维管束小点。气微，味苦涩。
(2)柴黄姜与穿龙薯蓣相似，唯根茎较粗，表面较光滑，无脱落性脱皮。
2.显微鉴别
根茎横切面：
(1)穿龙薯蓣木栓细胞多列，常脱落。皮层较薄，细胞壁微木化，有粘液细胞，长51-58μm，直径37-47μm，内含草酸钙针晶束。中柱散生外韧型维管束。该品薄壁细胞含淀粉粒。
(2)柴黄姜与穿龙薯蓣相似，但栓细胞扁平整齐，不脱落。
粉末特征：穿龙薯蓣淡黄色。
①淀粉粒椭圆形、类三角形、葫芦形、贝壳形，均较扁，两端或一端较尖，边缘有凹凸，直径3-17μm，长至33μm，脐点长缝状。
②草酸钙针晶束长48-112μm。
③木化薄壁细胞淡黄色，长椭圆形或类长方形，一端稍狭窄或偏斜，直径26-77μm，长约至343μm，壁厚2-5μm，微木化，纹孔较小;断面观圆多角形。
④具缘纹孔导管直径17-56μm，具缘纹孔极细密;有网纹导管。另有木栓细胞。