对遗传代谢病的患者而言，愈早发现，愈早治疗，对患者愈好。遗传代谢病代谢异常的确诊主要依靠代谢物的测定和酶活性测定，总的治疗原则是减少代谢缺陷造成的毒性物质蓄积、补充正常需要物质与酶或进行基因医疗。大多数遗传代谢病以饮食治疗为主，部分疾患可通过维生素、辅酶等进行治疗。通过对症治疗许多疾病症状可以得到有效控制，患者可以正常生活、学习和工作。