在硬皮病的第一代亲属中，MHCⅡ型表达增强，例如HLA-DR1、DR3、DR5与硬皮病相关，据报道，抗局部同分异构酶(ScL-70)与HLA-DR5和抗着丝点抗体与HLA- DR1有关，提示HLA-分型与硬皮病的自身抗体和临床亚型相关。

　　而DR3代表肺纤维化发生率升高，DR52与广泛性皮肤硬化有关，B8与DR3的患者神经系统受累率升高，提示DR3、DR52和B8代表病情较重。

　　硬皮病的病因不明，可能与遗传，免疫，环境，血管病变及胶原改变等综，因素相关。

　　(一)免疫异常

　　硬皮病是一种自身免疫性疾病，常和其他系统性或器官特异性自身免疫病重叠，最常见的有系统性红斑狼疮、多肌炎，但也包括类风湿关节炎，干燥综合征;器官特异性自身免疫病如桥本甲状腺炎和原发性胆汁性肝硬化。多数这种硬皮病患者存在伴发疾病的临床特征和特异性的实验室异常，但不足以诊断第二种疾病。

　　(二)血管异常

　　硬皮病有广泛的血管病变，包括中动脉、小动脉、微动脉和毛细血管，偶有累及大动脉，使皮肤、胃肠道、肺、心、肾和指趾端动脉均受累，所以有人认为硬皮病是一种血管内皮病变的结果，即原发的血管损害为明显的内膜增生，细胞在其后中呈同心圆状排列，称内皮细胞纤维粘液性变。

　　Fleischmajer等用电镜检查发现，硬皮病患者毛细血管最早的改变是内皮细胞之间出现大的裂隙，这些裂隙可使血浆外渗到细胞外基质中，从而在特征性纤维化期之前引起早期水肿。

　　在裂隙发生之后，细胞肿胀，继而破坏，细胞器被释放到管腔内，结果引起毛细血管阻塞。这种反复的内皮细胞的破坏引起了基板的复制，每一基板层相当于一个内皮细胞再生的残余物。

　　(三)胶原代谢异常

　　无论是形态学和生化学均提示硬皮病患者皮肤和内脏纤维化均是胶原组织过度增生的结果。硬皮病临床上最显著的特征是皮肤增厚和严重变硬。皮肤结构的稳定性几乎完全依赖于纤维胶原蛋白，胶原的质和量的改变引起硬皮病的症状和体征。