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跑步时肾区疼痛常见原因具体如下：1、骨科因素：内脏疼痛定位不准确，若疼痛与某种姿势或活动相关，更怀疑为骨科因素所致。患者腰椎或局部腰肌出现问题时，也会引起腰背部疼痛，如向某方向弯腰或剧烈运动时，患者可感觉腰部不适；2、结石：较常见，存在肾脏或输尿管上段等泌尿系统结石的患者，跑步时结石位置可能发生改变，此时可能产生局部肾积水，影响尿液排出，出现较明显疼痛感。患者出现腰背部疼痛时需要到医院进行全面检查，如进行B超等检查，明确是否有结石等病变。此外，建议患者针对具体病情，可能需要到骨科或其他相应科室进行进一步排查。