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试管婴儿怀双胎的风险明显大于自然怀孕的风险。根据目前统计结果，做试管婴儿发生双胎的概率为20%-30%，而自然怀孕双胎的概率只有1%左右，这种情况的主要原因是由于在试管婴儿的步骤中一个环节叫胚胎移植，做试管婴儿的过程当中会促使多个卵泡发育，因此最终得到的胚胎会有几个或者十几个，甚至更多，而胚胎移植时一般都会选择两枚胚胎进行移植，如果选择的两枚胚胎都种植到母体的子宫腔，就会形成两个不同的个体，即是双卵双胎。而在自然周期当中，女性一般情况下每个月只会自发排卵一个，因此自然怀孕大多数都是单胎，故试管婴儿中双胎的几率明显高于自然怀孕。 而双胎在怀孕和分娩的期间，孕妇的并发症和合并症都明显要高于单胎，所以目前许多生殖中心为了降低多胎的妊娠率，开始减少移植胚胎的个数，即有选择性进行单胚胎移植，从而避免多胞胎的发生。