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手术是治愈肛瘘的唯一方式。单纯肛瘘术后预后良好，无特殊情况则较少复发。复杂性肛瘘一次手术可能无法完全治愈，一般需要2-3次手术方可治愈。复杂性肛瘘多数伴有肛肠原发疾病，如溃疡性结肠炎等，且肛肠原发疾病及家族遗传为肛瘘发生的高危因素，容易导致复杂性肛瘘。复杂性肛瘘由于通道较多而预后较差。另外，复杂性肛瘘手术需在保证肛门功能的前提下进行。