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通常进行胃肠镜检查需要空腹，且在肠镜检查前还需进行肠道准备。通过服用清洁肠道药物，将大便完全排出体外直至排出清水样便，即呈水样、并无任何粪质或粪渣状态。因将胃肠道完全排空后进行胃肠镜检查时，能够更好观察胃及结肠黏膜情况，可以更好发现并进一步治疗相关病变。如果进食后进行胃镜检查，此时因胃黏膜均被食糜覆盖，可能无法观察到胃黏膜情况。如果并未进行肠道准备，肠镜进入肠道后只能观察肠腔内粪便，可能无法观察肠道情况。此外，患者进行胃镜检查时，可能诱发恶心、呕吐等不适，在检查过程中，如果出现胃内容物反流进入气道，则易引起气道窒息，严重时可能危及生命。