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患者出现小便发黄、刺痛，可能由于泌尿系感染导致，女性由于尿道外口毗邻阴道及肛门，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌易趁虚而入，进入尿道引起感染。男性可能由于包皮过长及某些性传播疾病导致，如淋病、非淋菌性尿道炎。致病微生物进入尿道可引发黏膜充血、水肿，尿道紧邻膀胱，感染可进入膀胱，造成黏膜上皮充血、水肿，感觉神经外露，而且影响膀胱内容量感受器，导致患者小便时容易出现刺痛。此外，带细菌的尿液经过尿道时，易刺激已经发炎、水肿的尿道黏膜，使患者产生刺痛感。整个尿路黏膜上皮处于充血、水肿状态，细胞上皮加细菌，还有代谢废物混于一起，易导致小便时刺痛伴小便发黄。