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血管内再通治疗虽是微创手术，但也存在一定的风险，主要与患者的年龄、血管质量及脑血管侧支循环代偿的情况有关。如侧支循环代偿较差，血管内再通治疗的风险较大，因此需要通过血管造影来充分评估患者的侧支循环的情况，从而判断其是否能从治疗中获益。此外，在取栓或再通过程中，可导致病变的血管出现内膜损伤，从而形成血栓，使血管再次闭塞；部分患者病变的血管存在狭窄或内皮损伤，在多次取栓血管再通后可能再次闭塞或狭窄，风险较大。