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社区获得性肺炎的主要致病原是肺炎链球菌，占社区获得性肺炎病因当中的40%以上。病毒、细菌或者支原体等，都可能成为社区获得性肺炎的致病原。病毒包括腺病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒等，细菌感染包括肺炎链球菌感染，为最多、占40%以上，还有克雷伯杆菌感染、化脓性金黄色葡萄球菌感染、厌氧菌感染、支原体感染或者其他特殊类型的病原体感染。对于社区获得性肺炎来说，社区获得性肺炎与相对应的医院获得性肺炎相比较，社区获得性肺炎耐药菌比例相对会比较低，治疗效果相对比较好，预后也比较好。而医院获得性肺炎通常耐药菌的比例比较高，抗感染治疗效果会比较差。