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幽门螺杆菌可引起胃肠道相关疾病，如慢性胃炎、急性胃炎、胃溃疡和消化性溃疡。国际卫生组织将幽门螺杆菌作为第一类致癌因子，可引起胃黏膜相关组织淋巴瘤，即MALT淋巴瘤。幽门螺杆菌感染，尤其十二指肠球部溃疡，感染率大约在90%以上，如果不根除，其年复发率大约为50%；根除幽门螺杆菌后，年复发率下降至5%。除此之外，幽门螺杆菌还可引起胃肠道外的症状，如冠心病、脑供血不足，甚至肝炎或其它疾病，但有待进一步定论。