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中枢神经系统感染患者的后遗症与感染后损伤的部位、程度密切相关。大脑感染的患者可表现为意识障碍、智力及运动发育落后。运动中枢受损的患者可出现跛行、抓物困难等肢体运动障碍。腰骶段脊髓受累的患者可表现为二便的异常。部分轻度的病毒性脑炎、化脓性脑炎或脑膜炎患儿治疗后可能无后遗症出现，部分重度、极重度的患儿治疗后出现后遗症的可能性较高。