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脑积水的内镜手术常见并发症有出血、感染等常见症状，除此之外，因其为内镜操作，需要进行三脑室底造瘘，故可影响患者的下丘脑，轻者可出现尿崩症，严重者恐导致育龄期的患者不孕不育。此外，还可能影响男性患者的性欲，影响其生育能力。内镜手术短期内对脑积水症状有所缓解，但随着时间延长，效果越发不明显，一部分患者最终仍需接受脑室腹腔分流术。