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核磁共振是磁场成像，不同于CT、X光和放射成像，因此其不带放射性且对人体无害。目前为止还未有医院使用核磁共振引起伤害的报道，也未发现患者基因突变或染色体畸形发生率增高的情况。由于其主要是强力磁场，可引起金属位移，如眼睛和颅脑内金属碎片在磁场作用下移动，可导致失明和脑损伤。因此有脑外伤史和眼睛受伤史患者及电焊工人，检查前需照头部X光。强磁场可引起金属物品飞向设备中心，可对患者造成伤害。