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由于磁共振是一种氢质子成像，对人体一般无明显的危害。如患有幽闭恐惧症，患者进行核磁共振检查时，可能会出现恐惧和躁动，对患者造成危害；由于核磁共振机器会产生巨大噪声，尤为进行梯度切换时，如听力非常敏感的患者进行核磁共振检查，可能会对患者的心理造成影响。与核磁共振检查相比较，CT检查速度较快，但可能会对患者产生射线损害，且不能进行多平面扫描。