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临床上，普通肠炎的治疗一般可使用氟哌酸、庆大霉素、黄连素等消炎药，细菌性肠炎治疗也如此，此外还需大量补液、补盐水等。病毒性肠炎与普通肠炎治疗类似，但因其涉及病毒感染，因此还需加用抗病毒药物进行治疗，如若患者已确诊为病毒造成的急性胃肠炎，还需加用抗病毒药，如感冒药或利巴韦林，此类药对病毒性肠炎治疗效果较佳，同时对治疗患者发烧或头痛有一定益处。