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十二指肠镜结构特殊，可到达十二指肠降部，并插入肝胆系统与胰腺系统与肠道连接的接口即十二指肠乳头，并通过十二指肠乳头将各种检查或治疗器械插入胆管和胰管，对胆管或胰管进行造影，以发现胆管或胰管的病变，或通过球囊对狭窄的胆管或胰管进行扩张。临床可在十二指肠镜下将网篮通过十二指肠乳头直接进入胆管进行取石，或将十二指肠乳头切开进行取石。