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做小肠镜较痛苦，因为肠道是管道结构，在镜子前进的过程中，肠壁有蠕动、收缩，根据蠕动收缩，镜子逐渐前进，虽然在手术前、手术中，可使用解痉剂，甚至是轻度镇静剂，但有时候不可避免的会出现不舒服的表现。做镜子时，无论是做胃镜、肠镜、结肠镜等，均需打气，因为打气可使肠腔扩张，扩张后将肠内的液体或胃的液体吸出，然后镜子才能一步步朝前走，整个肠镜的过程，因为打气会产生腹胀、不舒服、恶心、呕吐等表现，所以肠镜相对较不舒服。但是做镜子检查，无论是胃镜、肠镜，均是胃肠道疾病的重要诊断步骤，所以不得不做。现在做镜子检查时，部分病人较紧张，所以可能会因病人不舒服而无法继续操作，现在有一些其他的检查方法，如电子胃镜、胶囊胃镜、胶囊肠镜等，但此类镜子是通过食用胶囊后，通过胶囊上的照相机将整个胃和肠道进行显像，时间相对较长，甚至在后续对照相机整个摄像内容进行观察的时候，相对较费时，有时候不如人工的操作好，所以后来就发展到基础麻醉后，再进行胃镜或肠镜操作，病人敏感度下降，就减少了不必要的痛苦。但是就要增加风险，如做结肠镜，结肠有几个弯曲，比如乙状结肠和降结肠之间、降结肠肝区和脾区之间都是一些弯曲，通过弯曲时，如果患者在正常清醒的情况下，会有感觉，可以与做检查的医生配合，感觉疼痛、较不舒服时，可以与医生交流，而进行麻醉后则无法进行交流，有时通过镜子做的操作，刺激较严重时，患者感觉较少，会出现相对清醒时更严重的并发症，如肠穿孔等，所以做肠镜相对较不舒服，如果在麻醉下称为无痛性肠镜，其并发症比普通肠镜多。