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肛周脓肿的成因主要是肛腺感染，通常感染是细菌感染。由于肠道内有大量细菌，当患者免疫力低下时，细菌可能沿着肛腺发生肛周感染，感染以后沿着肛腺的走行会引起肛周脓肿。除了最常见的细菌引起肛腺感染，外伤以后引起的肛周感染，也称为肛周感染。另外还有炎症性疾病，如克隆氏病的感染，也可能会出现于肛门周围的窦道，从而引起肛周感染。另外肛周脓肿的感染，需要跟肛周皮脂腺囊肿的感染以及疖痈的感染进行区别，虽然均是由细菌感染引起，但是发病机理不完全相同。通常对于肛周脓肿，仅可通过手术治疗达到完全治愈。