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新生儿肺动脉高压的危害主要是缺氧、肺动脉阻力增高，导致心脏负荷增大。如果新生儿肺动脉高压出现分流，导致机体长期缺氧，可能会导致多脏器功能障碍，比如肾功能障碍、心功能障碍、大脑缺氧等等，会造成一系列的不良后果，严重的可能会导致死亡。另外，长期的肺动脉高压可能会导致心脏负荷加大，长时间心脏负荷增大会导致心脏功能衰竭。总之，出现新生儿肺动脉高压，要进行积极的治疗，同时多评估其发病原因，根据原因采取不同的治疗方案。