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新生儿脑积水治疗的目的是预防和治疗以颅内压增高和脑组织的病理变化而引起的神经损害，原则是解除病因和解决脑室扩大兼顾，综合患儿的各种因素，采取个体化的治疗原则。其根本原则是外科治疗，尤其是病因治疗作为最主要的治疗方法，药物治疗作为临时措施。脑积水的手术治疗并不太复杂，各级医院、各级医生都在做，但容易出现并发症及后遗症，所以在治疗过程当中要分清急缓轻重，抓住病因，解决根本问题，要力求简单安全、长期有效、并发症少的原则，还要坚持个体化原则选择手术方法。如内镜三脑室底造瘘术对阻塞脑积水的病人而言解除梗阻是最理想的方法。近年来，神经内镜下室间孔穿通术、神经内境下导水管重建术、神经内镜下三脑室底造瘘术等方法进行脑积水的治疗已成为治疗脑积水最有效、最安全的方法，手术的并发症小于5%，交通性脑积水患者行脑室腹腔分流术的并发症比较高，行脑室心房分流术容易感染，腰大池腹腔分流术的并发症少于脑室腹腔分流术，但只适合于交通性脑积水患者，部分患儿存在小脑扁桃体下疝、脑脊液不达标或脑室腹腔外引流也可以作为一种手术的选择方法。