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巨细胞病毒感染若治疗比较及时，全身免疫功能状态不是十分低下，多数患者可以彻底治愈。但若免疫功能极度低下、长期应用免疫制剂或者进行器官移植，此种情况若患者未及时治疗，极个别可能预后较差。年轻人若免疫功能不严重低下，感染巨细胞病毒后，表现为类似传染性单核细胞增多症的症状，出现颈部淋巴结肿大、肝脏受损，此种情况一般可通过机体的免疫力，自然控制病毒达到病情痊愈。应用更昔洛韦抗病毒治疗后，巨细胞病毒基本上都可以被控制，免疫功能相对不低的年轻人，感染巨细胞病毒后多数可自愈，或通过抗病毒治疗达到痊愈。免疫功能极度低下的人群，比如有血液系统恶性肿瘤、器官移植、长期应用免疫抑制剂，此种情况可引起巨细胞病毒再激活，引起全身各系统感染，治疗的疗程较长。若能坚持治疗，患者免疫功能不极度低下，多数情况下也能彻底治愈，只是疗程一般较长。巨细胞病毒临床彻底治愈后，病毒也不能从体内彻底清除，而是潜伏到淋巴细胞内，将来免疫功能低下时，还有可能会再次引起病毒激活，引起感染。