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结肠间质瘤归属于消化道间叶性肿瘤当中的胃肠道间质瘤的范畴，用肿瘤大小、核分裂象计数来判断危险因素。对于极低危和低危的结肠间质瘤，近似于良性病变的生物学特点，手术后较少出现复发和转移，预后非常好。手术完整切除后，仅予以定期复查随访即可。而对于有中高危风险的患者，有复发和转移的可能性，但也有大约50%以上的患者生存时间可以超过5年。结肠间质瘤的预后，虽然较胃肠道其它部位的间质瘤预后稍差，但是，及早发现、正规治疗可以取得较好的疗效。