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先天性胆管扩张症患者做手术以后，胆道原来的解剖关系发生变化，因为它已经把扩张的胆管进行切除，把空肠提上来与胆管吻合，就会改变病人胆汁的流出通道，所以可能会导致最常见的反流性胆管炎。因为胆管下端有一个括约肌，它可以进行收缩，可以阻止肠内容物向胆道内反流。而现在通过手术将胆管切除以后，肝门部的胆管与空肠做人工吻合，该吻合口不具备适当关闭的功能以后，就会些胆汁源源不断地往向肠管内流，但是肠管内的肠液也可能会反流到胆道中，很容易会导致术后长期反复发作反流性胆管炎，这是最主要的手术后并发症。有时候可以通过一些手术方法，可以用另外一种术式，总体而言，该手术还是必须要考虑做的手术，但是并发症有时也在所难免，不是做完手术后，每个病人都可能会发生反流性胆管炎，也有很多患者手术后没有发生此类症状。