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在根管治疗过程中，因为根管系统非常复杂，通过单纯机械预备或者取神经的方法，不能完全把根管内的感染物质包括细菌，清理干净。该情况类似于打扫卫生，会有很多死角，或者肉眼看不见的地方还有很多细菌，这时候往往会使用化学冲洗液或者消毒液进行根管冲洗和消毒。常用的冲洗液是生理盐水、双氧水、低浓度次氯酸钠以及根管润滑剂EDTA等。目的主要是清除根管内的感染物质，保证根管在治疗后是无菌状态，防止根尖周病变继续发展，也保证根管治疗成功率。随着根管消毒液和冲洗液以及超声预备系统的进步，现在可以使用超声根管荡洗。该方法的原理与到眼睛店配眼镜一样，眼镜上有很多细菌，通过常规清理无法清理干净，也需要超声荡洗，即把看不见的细菌清理干净，提高根管治疗的成功率。