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癌变通常是一般人认为的恶变，而对于间质瘤来说，由于不是癌症，所以没有癌变这一说。但是胃间质瘤是低度恶性的恶性肿瘤，所以不能说它本身是良性的，后来发生了恶变。虽然所有间质瘤都是低度恶性肿瘤，但是对于胃间质瘤来说，其恶性程度和肿瘤的大小、核分裂象是密切相关，对于肿瘤比较小、核分裂象比较低的，它的生物学行为和良性肿瘤基本上非常接近，所以也有人把它称为良性间质瘤，当然这种说法非常不严谨。而随着肿瘤增大，或者核分裂象升高，其恶性程度也随之增加。所以即使相同大小的肿瘤在做了手术之后，也要根据其核分裂象确定恶性度分级。对于恶性程度比较高的，即使做了根治性手术之后，也还需要后续服用靶向治疗药物，以降低术后出现远处转移的可能性。