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扁桃体发炎、牙龈肿痛使用的抗生素首选药物不完全一样，扁桃体发炎可以选择头孢或阿莫西林类抗生素，牙龈肿痛可以选择甲硝唑这类抗厌氧菌的消炎药进行治疗。虽然扁桃体和牙龈都在口腔，但是致病细菌和敏感的抗生素类型并不完全相同。扁桃体可能是乙型溶血性链球菌造成的感染，所以青霉素族抗生素，或者是头孢类抗生素可能更为敏感，其他的广谱类抗生素也有治疗作用。如果有青霉素或者头孢类抗生素过敏的情况，也可以选择红霉素，或者是其他抗生素进行治疗。而牙龈肿痛比较特殊，常跟厌氧菌感染相关，甲硝唑这类抗生素可能是首选，它的治疗效果也更好。对于扁桃体发炎和牙龈肿痛这两类不同的炎症性疾病，选择的抗生素也有所不同，扁桃体首选阿莫西林或头孢，而牙龈肿痛首选甲硝唑。