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骨髓炎出现窦道以后，治疗首先可以通过窦道蘸取分泌物，进行细菌培养加药敏试验，该做法可以指导用药，主要用来指导选择抗生素。慢性骨髓炎综合治疗后，如果深部炎症得到控制，窦道就可以自行闭合，但偶有窦道残留长期迁延不愈。针对窦道的这些治疗措施，较为保守的就是通过局部搔刮、换药，中药捻换药是中医特色，即通过中药捻塞到窦道里，可以起到清除炎症的作用。手术切除一般包括窦道周围增生较硬的瘢痕组织，周围增生硬化的瘢痕都要彻底切除，窦道清理后可以敞开伤口当成引流通道，有脓液可以继续流出来，让窦道从深向浅逐渐愈合。由于皮肤愈合的快，如果皮肤先长好，窦道里面会积住感染物质，若从里向外长实，就可以更好的控制感染。在软组织较丰厚的部分可以直接缝合，在软组织覆盖比较差的部位，皮肤弹性比较差的部位如跟骨骨髓炎，跟骨周围皮肤弹性比较差，属于皮包骨的结构，如果该部位形成骨髓炎要合并窦道，在该部位若将皮肤切除之后，皮肤很难缝合，这时需要做皮瓣把窦道覆盖。对于较长时间的窦道尤其是局部伴有恶臭时，术前要进行病理检查，因为有可能会存在癌变的情况，即会形成皮肤癌。如果有癌变，一般要选择进行截肢治疗。