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根管预备或充填后，多数患者会出现不同程度的不适或疼痛，有的会有发胀的感觉，根管治疗打破了细菌和宿主防御机制之间的平衡。一般在宿主抵抗力较好的情况下短时间就会消失，少数患者会出现自发痛、咬合痛，局部肿胀等症状。主要以急性牙髓炎、急性根尖周炎的形式表现出来，需要应急处理。引起这些症状的原因有感染因素，常见的根管治疗操作中容易引起枕肩痛的原因有根尖残屑推出，根管清理不彻底导致牙髓和感染物残留以及根管再感染。其次是理化因素主要是医源性的刺激，根管的超预备和超充填可以对根尖周组织造成机械性刺激，而超充的根管内的化学成分也可以对根尖周组织造成化学刺激，这些因素都可以引起治疗中或治疗后的不适、疼痛以及肿胀。