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耐药菌株的感染，是指感染的病原微生物，对于常用的应该比较敏感的一些抗菌药物出现了耐药，比如肺炎链球菌的感染。正常情况下，对于青霉素应该敏感，但出现了对青霉素的耐药，这种情况下就可以称为肺炎链球菌是一个耐药菌。另外对于金黄色葡萄球菌的感染，正常情况下应该对甲氧西林出现敏感，但出现了甲氧西林的耐药，这种情况下就可以称为耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，临床也常称为MRSA。是革兰阳性球菌里，比较典型的一个耐药菌。另外革兰阳性菌当中，比如屎肠球菌，正常情况下对于万古霉素应该敏感。但出现了万古霉素的耐药，就可以称为耐万古霉素的屎肠球菌。革兰氏阴性菌中，大多数的革兰氏阴性菌，对于三代头孢应该敏感。但是有些三代头孢，比如大肠杆菌、肺炎克雷伯杆菌、阴沟肠杆菌，出现了超广谱的β-内酰胺酶。这样对于包括三代头孢和四代头孢在内的，大多数的β-内酰胺类的抗菌药物，都出现了耐药。仅针对碳青霉烯类的，或者是阿米卡星敏感，这就属于耐药菌感染。还有一些超级耐药细菌感染，比如耐碳青霉烯的肺炎克雷伯杆菌的感染，以及嗜麦芽窄食单胞菌感染。还有鲍曼不动杆菌的感染，这些细菌都属于多重耐药菌感染。