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新生儿心脏隔膜缺损，通常分为房间隔和室间隔缺损，均有自愈的可能性，但取决于缺损的大小、部位。大部分中心型的房间隔缺损，在8mm以内，其自愈率较高，可以观察到3-4岁，这个期间可以自愈。如果3岁后不能自愈，此时自愈的可能性大幅度降低，要考虑内科的介入封堵或者外科干预治疗，才能将疾病治愈。如果是位于膜周部的或者基部的小的室间隔缺损，比如在5mm以内，也有一定的自愈率，可以观察到30岁。30岁能够闭合，则为自愈，如果不能闭合，这时候要考虑手术的问题，有内科的介入封堵术和外科的开胸手术。​但如果是干下型室间隔缺损，这种情况自然闭合的几率较低，或者室间隔缺损较大，5-6mm、7-8mm，甚至1cm，这种室间隔缺损没有自愈的可能性。而且需要早期行手术干预，否则易出现肺动脉高压等严重并发症，从而失去手术治疗的机会，对孩子的生命造成明显影响。