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心源性脑栓塞分为急性期、恢复期和稳定期，具体挂哪个科室，需要根据病情决定。血流在急性期突然中断，血栓堵塞血流的时间越长，脑细胞缺血坏死就越多，后遗症越重，时间就是大脑，需要争分夺秒尽快治疗，所以急性期突然发病，不建议在门诊排队挂号，应立即拨打120急诊入院，通过急诊绿色通道进入医院的卒中中心进行溶栓治疗，卒中中心通常设在医院的神经内科，如果需要手术，是由接诊医师联系，安排神经介入医师来进行手术。如果出现大面积的梗塞，发生了脑疝，需要进行去骨瓣减压术，由接诊医师联系、安排神经外科的医师进行去骨瓣手术，在病情恢复期、稳定期，需要长期预防和随访观察，应该就诊神经内科。