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支原体感染与其他病原体感染相同，都存在复发问题，如果治疗不彻底，病变还在身体上存在，只是因为用药暂时被抑制，没有把病原体完全清除，一旦身体抵抗力下降，或者抑菌的药物被体内排泄、代谢以后，残留的支原体可以再度增殖、繁殖，侵犯正常器官组织，还会继续引起感染。所以，支原体感染复发的因素，包括没有彻底清除支原体、免疫力和抵抗力下降等，给支原体再次感染创造可趁之机。另外，支原体感染本身有特殊性，可能发生某些变异或者致病力加强，也可能导致复发。