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碘-125粒子植入的危害，具体需根据植入部位、植入剂量，以及植入粒子数量多少，决定粒子治疗是否出现副反应及副反应严重程度。如用于肺的恶性肿瘤的粒子植入治疗，最常见的可能会出现肺气胸或血胸；用于胃肠道的肿瘤的治疗可能会引起感染；如果用于脑瘤治疗，有可能会出现局部水肿，比如瘤体是靠近血管或黏膜部位，随着粒子植入剂量增大，可能会导致局部溃疡、坏死。 粒子治疗另外一个副反应，随着靠近血管或者瘤体的缩小，可能会出现粒子发生移位等一系列副反应。随着植入医生治疗的经验增加，这一系列的副反应风险均可规避。