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治疗肺结核药物的最主要的副作用为肝肾功能的障碍，每一种药物具体又有不同。比如异烟肼，常用的异烟肼，最容易引起转氨酶的升高、黄疸；对于老年患者和年龄比较小的患者容易引起神经炎，比如乙胺丁醇可能会引起视神经损害、视野缩小；吡嗪酰胺对肝脏的损害也毒性比较大；左氧氟沙星是比较新的用于抗结核的药物，对肝肾都有一定的损害。另外会引起神经系统的障碍，部分会引起肌腱的损害。