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自免肝确诊的指标，要根据多项的结果综合判定，具体如下：1、肝功能：如果是自身免疫性肝炎，一般会导致肝细胞反复损害、转氨酶持续异常，包含了谷丙转氨酶和谷草转氨酶。如果是原发性胆汁性胆管炎，此情况通常合并碱性磷酸酶以及γ-GT的升高。到达进展期的时候，还会引起胆红素的进一步升高。而原发性硬化性胆管炎也会导致相应的升高；2、免疫指标：包含了抗核抗体、抗线粒体抗体、抗平滑肌抗体等，上述指标可能呈现阳性，同时IgG、IgM的抗体水平也会明显升高。所以针对上述抗体的检查，可以作为有效的辅助诊断措施；3、影像学检查：影像学检查能够有效地排除是否有其他的原因所导致的肝脏出现异常，如因为肝硬化或者其他的原因，如病毒肝等；4、肝穿刺活检：最能确定的诊断就是肝穿刺活检，能够取得相应的组织病理，最终能够用于确诊自免肝。