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甲硝唑和阿莫西林均是临床上常用的抗菌药物，两者在药物分类、作用机制、抗菌谱、临床应用等方面，均有较大区别，具体如下：一、药物分类：1、甲硝唑是硝基咪唑类的抗菌药物。2、阿莫西林是青霉素类药物；二、抗菌机制：1、甲硝唑的抗菌的机制是通过分子中所含有的硝基，在无氧环境中，发生还原反应，还原后的集团，具有细胞毒作用，从而起到杀灭病原菌的功效。甲硝唑对厌氧菌具有一定抗菌作用，且对阿米巴虫也具有抗菌的功效。2、阿莫西林通过抑制细菌细胞壁的合成，起到抗菌的效果。阿莫西林是广谱的抗菌药物，主要对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌等需氧病原菌起到抗菌作用；三、临床应用：1、甲硝唑可用于厌氧菌所致的感染，如口腔、牙龈的感染，也可以用于泌尿系统、肠道的感染，还可以用于生殖系统的感染，如常用于阴道炎。2、阿莫西林作为广谱的抗菌药物，临床上更多用于呼吸系统、胃肠道、皮肤或软组织，以及泌尿系统感染；四、注意事项：1、使用甲硝唑期间要绝对禁酒，因其与酒精会有相互作用，可能发生醉酒样反应，医学上称为双硫仑反应。2、阿莫西林属于青霉素类药物，因此如果患者既往有青霉素过敏史，则不能使用此药。