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BRAF突变在胃肠间质瘤发生率很低，是一种基因突变，胃肠道间质瘤大多是由KIT和PDGFRα基因突变所驱动，但是在10%-15%的胃肠道间质瘤患者中，不存在这种基因突变，称为野生型胃肠道间质瘤，BRAF突变就属于这种情况。在少数为野生型的胃肠道间质瘤中，可以检测到大多存在于直径为4mm的小胃肠道间质瘤中。BRAF基因突变的类型大多是在小肠的间质瘤中比较多见，老年人也比较多见。作为野生型的胃肠道间质瘤特殊亚型，伊马替尼对于BRAF突变的患者疗效不好。根据2021年ESMO指南更新的推荐，BRAF突变的胃肠道间质瘤应该避免辅助治疗。研究发现，伊马替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼对BRAF突变均没有效果，针对这部分患者，目前尚没有治疗的推荐，可以使用BRAF抑制剂，比如维罗非尼、达拉非尼等，但具体的诊疗方案要结合临床由医生面诊指导为准。