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有些甲状腺疾病会引起嗓子不舒服、疼痛，最常见的是亚急性甲状腺炎。亚急性甲状腺炎是由病毒感染导致的一组非细菌性甲状腺疾病，多数先出现上呼吸道感染症状，然后出现颈部包块，从一侧转向另一侧。由于有上呼吸道感染症状，患者可以出现咽部不适、疼痛、低热或者中等程度发热、颈部疼痛，然后出现一过性甲状腺功能亢进，这是由于病毒破坏甲状腺细胞壁，使得甲状腺激素释放入血。然后出现一过性甲状腺功能减退，这是由于释放入血的甲状腺激素已耗竭，新的甲状腺激素没有合成，所以产生一过性甲状腺功能减退，然后到达痊愈期。 大多数亚急性甲状腺炎患者都可以痊愈，由于是病毒感染，疾病具有自限性，整个病程需要2-3个月。有些患者可能发生永久性甲状腺功能减退症，但这类患者很少，大约占3%。如果发生永久性甲状腺功能减退症，需要给予左甲状腺素替代治疗，其他的甲状腺疾病，包括甲亢、桥本甲状腺炎，一般不会发生咽部不适。