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从上个世纪50年代以后，随着对红斑狼疮早期诊断治疗的水平提高，预后已经有很大的改善了，如今在发达国家，系统性红斑狼疮5年的存活率已经提高到95%以上。导致红斑狼疮死亡的三大主要原因，在上个世纪末被认为是肾功能衰竭、感染和中枢神经系统狼疮。近年来有不断的报道，发现感染已经成为了系统性红斑狼疮死亡的重要原因，心血管疾病，尤其是动脉硬化导致系统性红斑狼疮患者死亡，也显著增加。 感染是影响系统性红斑狼疮预后的重要因素，30%-50%的系统性红斑狼疮患者会死于感染，值得重视的是，近年来特殊感染和重症感染明显增多，成为这个病的主要死亡原因之一。感染的菌谱特点包括：革兰氏阴性菌增加，多耐药菌和高度耐药菌出现；真菌感染，特别是二重感染增加，除此以外病毒感染也增加。目前系统性红斑狼疮常见的感染还是细菌感染，而且最主要的部位是下呼吸道感染，其次是泌尿系统、皮肤、败血症、骨骼肌系统。肾脏受累也是系统性红斑狼疮最常见的临床表现，也是预后不良的主要原因。狼疮性肾炎从隐匿期到终末期肾功能衰竭均可见到，大部分肾炎病人都会出现肾功能减退，肾功能衰竭是系统性红斑狼疮主要的死因之一。系统性红斑狼疮的神经系统损害会导致高死亡率，患者可以出现昏迷、抽搐、脑血管意外而危及生命，癫痫、卒中、昏迷都是预后差的征兆。 心血管系统损害也是系统性红斑狼疮损伤的主要脏器，会导致心绞痛、心梗、心律失常、心力衰竭、猝死。血液系统损害也经常在系统性红斑狼疮的病情当中出现，是反映狼疮病情活动的标志，白细胞下降、恶性贫血、血小板减少都是患者预后不良的主要因素。肺部损害，也是系统性红斑狼疮预后不良因素。随着治疗手段的提高，还有早期诊断水平的提高，病死率较之前已经大幅下降了。长期应用激素和免疫抑制剂会引起糖尿病、股骨头坏死、感染，都会影响患者的预后。虽然目前系统性红斑狼疮治疗的有效率有所提高，但是系统性红斑狼疮患者的病死率仍然是正常人的3倍，平均寿命明显短于正常人群。