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经皮肾镜手术对肾脏损害相对较小，但根据手术大小、结石大小以及过程、时间不同，损害程度不同，常见如下：1、穿孔治疗：经皮肾镜手术需要经过腰部、背部穿刺至肾盂系统，在此过程中对肾脏具有损害。由于直接进行对肾盂的穿孔，会对经过穿孔部位肾脏实质组织造成创伤与损害。通常情况下损害较小且无需特殊处理，3-5天后可自行愈合，1个月后伤口可完全愈合；2、碎石治疗：经皮肾镜在碎石过程当中，使用激光、超声弹道对结石进行粉碎处理，该过程对肾脏会造成损伤，但伤害比结石给肾脏带来的伤害小，无需过于担心。