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患者早上起床后喉咙有痰的原因，包括以下几个方面：1、慢性咽炎、鼻炎：晨起时多数患者会存在咳痰的症状，甚至部分患者还会咳黄脓痰，但在白天通常没有任何症状。因为经过一晚休息，有时鼻咽部分泌物会沉积在咽喉部，导致患者在晨起时出现咳痰；2、胃食管反流：因为当人体在平卧休息时，由于重力作用的消失，胃内容物有时就会反流到咽喉部刺激声门，有时就会导致患者咳嗽甚至咳痰的症状；3、慢性支气管炎、气管炎：患者也容易出现晨起咳痰的症状。因此，如果患者存在类似问题，建议到医院呼吸科或耳鼻喉科就诊，请专业医生进行检查，以明确诊断。