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肾穿刺检查最常见检查的疾病是肾小球肾炎、肾病综合征。即当怀疑病人有肾炎、肾小球肾炎、肾病综合征等肾病，此时就会考虑做肾穿刺检查。但实际上肾穿刺检查也是诊断肾炎必须经历的手段，意思就是如果要确诊肾小球肾炎，或哪一类的肾小球肾炎、肾病，原则上必须有穿刺活检结果，这是大多数情况，但不是所有情况。有时肾脏出现了表现非常模棱两可、非常奇怪的肿瘤性疾病，比如有时怀疑肾脏有淋巴瘤，或者怀疑肾脏上可能是癌，但又不是典型的癌。很难决定做手术、观察、内科治疗时，也会做肾穿刺检查。