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阿托伐他汀钙的不良反应主要有横纹肌溶解和肌病，因为他汀类药物偶尔可以见到不良反应，这是由于横纹肌溶解所引起的肌红蛋白尿，继发会有急性肾功能衰竭。阿托伐他汀钙对有肾损害病史的患者来说，是出现横纹肌溶解的危险因素之一，所以建议密切监测药物对骨骼肌的影响。此外和其他他汀类的药物类似，阿托伐他汀偶尔也会引起疾病，如肌肉疼痛或肌肉无力，同时伴有肌酸、肌酶升高等。 此外高剂量的阿托伐他汀和某些特定的药物如环孢素、克拉霉素、伊曲康唑等联合使用，可能会增加疾病或横纹肌溶解的风险。阿托伐他汀钙的不良反应还包括肝酶异常，他汀类药物可能会引起肝功能生化指标异常。临床研究显示接受阿托伐他汀治疗患者可能会出现如谷草转氨酶、谷丙转氨酶升高等不良反应。因此在开始接受阿托伐他汀用药前，建议进行相应的肝酶检测，并根据临床指征来进行监测，在医生的指导下合理用药。