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治疗肺部真菌感染并不难，因为21世纪以后，相继有很多不同类型的抗真菌药问世，这些不同类型的抗真菌药疗效好、副作用小，大多数患者都可以承受，给临床抗真菌治疗开辟了一个新的领域。肺部真菌感染最难的在于诊断和鉴别诊断，肺部真菌感染的特点是临床症状比较迁延，全身反应比较轻，病程比较长，通常比较容易发现的是白色念珠菌。但也有一部分白色念珠菌对常用的氟康唑耐药，以至于误以为是白色念珠菌，用了氟康唑效果不好，殊不知可能还有非白色念珠菌，以及曲霉菌。此时可能就要选择对非白色念珠菌、对耐氟康唑的白色念珠菌、对曲霉菌有效的价格相对比较贵的抗真菌药。由于临床很难获得非白色念珠菌、曲霉菌感染的证据，这样就会导致治疗迁延。另外，隐球菌也是常见的肺部真菌感染，隐球菌肺炎多半是以结节的形式存在，但是在手术前，相当一部分肺结节患者并不知道是隐球菌导致的，只有通过手术以后的病理，才确诊是肺部隐球菌感染。因此，肺部真菌感染治疗难度不大，只要明确是真菌感染，而且知道是哪一种类型，就可以选择相应的抗真菌药。大部分人都是可以临床治愈的，难就难在如何早期诊断、早期确诊、早期合理选择抗真菌药物。