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头疼做CT或核磁共振检查均可，与患者的要求有关，主要分为以下情况：1、CT检查：CT检查的特点为简单、方便、快捷、便宜，并且相比于核磁共振而言，对出血性疾病的敏感度较高，尤其是急性出血。如果患者需排除脑出血或蛛网膜下腔出血时，应首选CT检查；2、核磁共振：核磁共振的特点是检查时间长，不同序列较多，对慢性出血的敏感度较高。而针对枕骨大孔以及后颅窝疾病，核磁共振的分辨率高于CT，此时患者应首选核磁共振检查。