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新生儿筛查中常出现足底血不合格的情况，常见有以下原因：1、甲状腺功能减低：若新生儿甲状腺功能检查异常，提示甲状腺功能减低，此时家长需要注意。若甲状腺功能持续异常，可能影响新生儿的生长发育，特别是智力、身高、体重的发育；2、遗传代谢病：部分新生儿进行足底血检查，如遗传代谢病的筛查、基因方面的检查可能会存在耳聋基因，这也是导致足底血检查不合格的常见原因。若进一步诊断出代谢异常或基因问题，家长需联系相关专业的医院，由专业从事遗传代谢病方面的医生进行诊断与临床干预；3、苯丙酮尿症：怀疑有苯丙酮尿症的新生儿需要进行基因尿筛，进一步排除或判断苯丙酮尿症的存在，后期可能需要服用特殊的配方奶粉进行治疗。