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小肠间质瘤一般表现为肠梗阻以及间质瘤破裂出血，即消化道出血，但有时没有任何表现，只做CT体检时发现腹腔里有肿块，可能长在小肠部位。​胃肠间质瘤可以长在身体的任何部位，常见的来源有胃、结肠、小肠。来源于小肠的小肠间质瘤，具体的表现往往取决于肿块大小、进展状态，比如很小的小肠间质瘤可能没有表现，因为没有引起肠道梗阻或特殊状态，与正常人一样，饮食、消化基本正常。如果小肠间质瘤进一步长大，堵塞肠腔，可能引起肠道梗阻的表现，比如腹胀、呕吐，肛门停止排便、排气。长大的小肠间质瘤如果破裂出血，大便可能成为黑便或褐色便，这些都需要引起注意。