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先天性心脏病是一大类疾病，有复杂和简单之分，而对于每一种先天性心脏病而言，病情也有病情轻和病情重之分。而对于简单性的先天性心脏病，例如房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭等，这些简单性的先天性心脏病，手术后预后很好，远期效果也很好。婴儿治疗以后，远期和正常婴儿没有大的差别，所以远期预后和预期的寿命都较好。而对于一些复杂性的先天性心脏病，比如法洛四联症​、心内膜垫缺损等，这些婴儿手术过后远期可能会存在一些问题，比如肺动瓣的再狭窄、肺动瓣的反流，或者房室瓣的反流等。而这些需要患者和婴儿家长终身去进行健康的管理和跟踪的随访，而部分婴儿可能会因此需要再次手术。所以远期预后总体来说会比较满意，但是需要定期随访。另外还有一些复杂性的先天性心脏病，比如单心室不能做根治手术，只能做功能矫治，只能做单心室手术，这些婴儿远期的预后比较堪忧，远期寿命达不到正常人的寿命。